Rafy koralowe Wyspy Giftun są jednymi z najbardziej różnorodnych i zdrowych na Morzu Czerwonym, będąc domem dla ponad 196 udokumentowanych gatunków korali twardych i miękkich. Te żywe struktury tworzą złożone trójwymiarowe siedliska, które wspierają tysiące gatunków morskich. Rafy wokół Wyspy Giftun obejmują imponujące korale stołowe mogące rozciągać się na kilka metrów, eleganckie korale gałęziaste z rodzaju Acropora i spektakularne miękkie korale w żywych kolorach od głębokiego fioletu po jasny pomarańcz.
Chroniony status Wyspy Giftun pozwolił tym ekosystemom koralowym na rozkwit, z niektórymi formacjami liczącymi setki lat. Ogrody koralowe wyspy prezentują różne strefy, od płytkich korali lagunowych przystosowanych do silnego światła i działania fal, po formacje głębokowodne, które filtrują składniki odżywcze w spokojnych, bogatych wodach poza barierą koralową.